Těžiště navrhovaného projektu spočívá v odkrytí vztahu Masaryka k náboženství. Masarykova filozofie náboženství má několik rovin, které chce projekt koncipovat. Jde o Masarykův vztah k náboženské praxi a náboženskému životu. Jde o Masarykův vztah k církvím a náboženským společnostem. Projekt chce odkrýt Masarykův vztah k teologii a v širším kontextu koncipovat pojetí vztahu vědy a teologie u Masaryka. Projekt má osvětlit cíle a obsahy církevní politiky a světské politiky tak, jak je chápaI Masaryk ve své době. V české filozofii náboženství nebyl doposud soustavně zpracován Masarykův vztah k náboženství a Masarykova filozofie náboženství jako celek. Podstata projektu spočívá ve splnění konkrétního úkolu zpracování Masarykovy filozofie n1áboženství.