Oddělení osobních a historických fondů
Část archivních fondů, o něž oddělení pečuje, vznikla činností starších vědeckých společností, institucí a profesních spolků, existujících zpravidla do založení Československé akademie věd vroce 1952 (celkem 38; znejdůležitějších Královská česká společnost nauk, Česká akademie věd a umění, Československá národní rada badatelská, Masarykova akademie práce, Státní hvězdárna, Svatobor, Gesellschaft zur Förderung deutscher Wissenschaft, Kunst und Literatur in Böhmen, Sudetendeutsche Anstalt für Landes- und Volksforschung, Reichenberg). Další část představují osobní archivní fondy významných vědeckých osobností (např. Karel Domin, Jaroslav Heyrovský, Bedřich Hrozný, Arnold Jirásek, Ivan Málek, Zdeněk Nejedlý, Bohumil Němec, Milada Paulová, Jaroslav Průšek, Otto Wichterle) a také sbírky (zejména Sbírka medailí a Umělecké sbírky). Svěřené archiválie jsou postupně zpracovávány a zpřístupňovány (archivní inventáře, soupisy, edice, studie). Oddělení poskytuje informace a rešerše o fondech a zfondů, podílí se na vědecké, publikační a popularizační činnosti ústavu. Trvalým úkolem oddělení je vyhledávání akvizic osobních fondů vědců (výběr archiválií mimo skartační řízení) a získávání pramenů pro oral history (rozšiřování sbírky pamětnických interview). Pracovníci, starající se o uvedené osobní a historické fondy, se věnují archivní metodice i teorii a podílejí se na výzkumné činnosti ústavu, včetně řešení grantových projektů. Vposledních letech postupuje pořádání rozsáhlého osobního fondu Zdeněk Nejedlý.
Archiv Ústavu T. G. Masaryka
Další část archivních fondů, je spojená s činností Ústavu T. G. Masaryka. Masarykův osobní archiv se stal jeho součástí v roce 1932. Postupně měl být doplňován o písemnosti rodiny a Masarykových spolupracovníků. Obsah osobního archivu definoval v době zřizování Ústavu T. G. Masaryka sám Masaryk. Podle něj jde o soubor materiálů vědeckého, filozofického a politického charakteru, dokumentujících činnost spisovatelskou, pedagogickou a politickou. Tvoří ho rukopisy, korespondence, poznámky a dokumenty z doby předválečné, válečné a poválečné. Celý soubor je organický nedělitelný celek.
Archiv a knihovnu Ústavu T. G. Masaryka spravuje na základě smlouvy Masarykův ústav a Archiv Akademie věd ČR, v. v. i. V současnosti lze v Archivu Ústavu T. G. Masaryka studovat nejen písemnou pozůstalost T. G. Masaryka a členů jeho rodiny, ale i písemnou pozůstalost Masarykova nejbližšího spolupracovníka E. Beneše. Významné jsou rovněž dokumenty Ústavu T. G. Masaryka – instituce, která se svého od založení v roce 1932 zabývala studiem života a díla T. G. Masaryka. Po přerušení činnosti v roce 1954 se ke svému původnímu úkolu vrátila v roce 1990. Archiv je také prvořadým zdrojem pramenů při vydávání edičních řad Spisy T. G. Masaryka, Korespondence T. G. Masaryka a dalších. Nepřehlédnutelným výsledkem práce oddělení je knižně vydaný inventář osobního fondu Edvarda Beneše.
Aktuálně probíhá inventarizace osobního fondu T. G. Masaryka.
