Česko-německá komise historiků a Slovensko-německá komise historiků mají za úkol zkoumat společné dějiny Čechů, Němců a Slováků. Těžiště jejich práce spočívá ve 20. století. Komise přistupují k tématům multidisciplinárně a snaží se analyzovat historické zkušenosti, které spojují Čechy, Němce a Slováky, v širokém historickém kontextu a ve srovnávací perspektivě. Komise pořádají konference a expertní jednání a vydávají vlastní ediční řadu. Mladí badatelé a badatelky se mohou ucházet u Česko-německé komise historiků o stipendia na výzkumný pobyt v zahraničí.
