I.
Stálá konference je vedena dvěma spolupředsedy, jedním za českou, jedním za rakouskou stranu, jmenovanými ministry zahraničních věcí obou zemí, na základě vzájemných konzultací na čtyři roky. Spolupředsedové jmenují po vzájemné dohodě další členy (až osm z každé strany), mezi nimi vždy po jednom místopředsedovi, na jeden rok s možností opětovného jmenování. Spolupředsedové Stálé konference mohou po vzájemné dohodě zapojit do jednotlivých projektů experty.
II.
Spolupředsedové v souladu s Memorandem o porozumění a po konzultaci se členy Konference vypracovávají zpravidla do 30. září žádost o poskytnutí dotace pro návrhy projektů na následující kalendářní rok a předkládají ji příslušným ministerstvům. O poskytnutí a výši vložených prostředků rozhodují společně zástupci obou ministerstev.
III.
Ministerstvo zahraničních věcí České republiky a Spolkové ministerstvo pro evropské a mezinárodní záležitosti Rakouské republiky se budou snažit na základě návrhů projektů předložených Stálou konferencí zajišťovat pro Konferenci přiměřené podmínky a přiměřené finanční prostředky. Hospodaření se svěřenými finančními prostředky a vyúčtování dotace podléhají kontrole výše uvedených ministerstev v souladu s (aplikovatelnými) národními právními předpisy.
IV.
Stálá konference se zřizuje na dobu neurčitou. Rozhodnutí o případném zastavení její činnosti je v kompetenci ministrů zahraničních věcí, kteří o takovém zastavení mohou kdykoliv po vzájemné dohodě rozhodnout písemnou formou.